Thường xảy ra do thiếu sót trong công tác kiểm tra thực phẩm, nguyên liệu, vệ sinh nấu nướng, và phục vụ ăn uống tại các cơ sở ăn uống công cộng.

- Nguồn truyền nhiễm nguy hiểm nhất là bệnh viêm ruột phó thương hàn ở trâu, bò (thường là do Salmonella Typhy Murium và Salmonella Enteritidis) vì thường rất khó chẩn đoán ở động vật.

- Nguồn nguy hiểm thứ hai là súc vật khoẻ mạnh mang mầm bệnh và đào thải vi khuẩn ra ngoài theo phân (đôi khi theo nước tiểu).

- Với người bệnh, sau khi điều trị khỏi vẫn tiếp tục đào thải vi khuẩn trong nhiều ngày sau đó, đôi khi kéo dài tới 10 – 12 tháng.

- Thực phẩm gây ngộ độc thường có nguồn gốc động vật như: thịt gia súc, gia cầm, trứng, cá, sữa ít gặp hơn. Đặc biệt các loại thực phẩm nguội như món đông, pate, giò chả, dồi tiết… thường là nguyên nhân của những vụ ngộ độc thực phẩm do Salmonella. Trứng có thể nhiễm Salmonella từ rất sớm ngay từ khi bào thai, trứng các loại gia cầm đẻ dưới nước dễ bị nhiễm hơn do vỏ trứng luôn ẩm ướt, vi khuẩn từ phân, đất, nước dễ dàng đột nhập vào. Thực phẩm có nguồn gốc thực vật ít khi là nguyên nhân của loại ngộ độc này.

II. Dịch tể học của ngộ độc thực phẩm do tụ cầu khuẩn Staphylococcus:

Nơi tồn tại chủ yếu của tụ cầu trong thiên nhiên là da và niêm mạc của con người, nhiều nhất là ở mũi rồi đến họng, bàn tay, kế tiếp là bò sữa bị viêm vú.

Có khoảng 50% số người sống khoẻ mạnh có mang tụ cầu trùng gây bệnh và không gây bệnh. Người lành mang khuẩn ít nguy hiểm hơn người bệnh vì người bệnh mang tụ cầu trùng gây bệnh với số lượng lớn, điều kiện lan nhiễm dễ dàng qua ho, hắt hơi, sổ mũi…

Sữa và các chế phẩm: tụ cầu được tìm thấy nhiều nhất ở sữa tươi (14,6%), rồi đến váng sữa và kem (6,8%). Bánh kẹo có kem sữa có độ đường thấp hơn 60% (>60% là môi trường không thuận lợi cho vi khuẩn). Thịt cá cũng là môi trường thuận lợi cho tụ cầu phát triển, đồ hộp cá có dầu trong quá trình sản xuất các nguyên liệu có thể đã bị nhiễm tụ cầu và sinh độc tố, qua qui trình vô khuẩn tụ cầu đã bị tiêu diệt nhưng độc tố của nó vẫn còn, nên ăn cá hộp vẫn có thể xảy ra các trường hợp ngộ độc thực phẩm, và khi đem phân lập sẽ không tìm thấy vi khuẩn.

Khi trong môi trường có sự cạnh tranh với các vi khuẩn khác thì tụ cầu chỉ phát triển mà không sinh độc tố, còn trong môi trường có sự cạnh tranh yếu như trong thực phẩm nấu chín kỹ thì tụ cầu phát triển và sinh độc tố khá mạnh.

III. Dịch tể học ngộ độc thực phẩm do Botulism Clostridium:

Đây là bệnh ngộ độc thịt mang tính chất cấp tính nặng, nó phá huỷ thần kinh và gây tử vong cao. Bệnh thường xảy ra khi dùng thực phẩm dự trữ như đồ hộp, pate, xúc xích… người đầu tiên phát hiện ngộ độc Botulism là Van Ermengern năm 1895 ở thịt dăm bông và ruột già của người bị chết do ngộ độc thịt. Sau đó, Konstansov đã phân lập được vi khuẩn này ở cá, và xếp nó vào  họ Clostridium, họ này có 7 loại A, B, C, D, E,F, G chúng giống nhau về hình thể, tính chất nuôi cấy và tác dụng sinh lý của độc tố, nhưng khác nhau về tính kháng nguyên. Loại A, B, E là phổ biến và thường liên quan đến ngộ độc thực phẩm. Những năm gần đây người ta thấy ngộ độc thực phẩm do Clostridium loại C cũng xuất hiện nhiều ở các quốc gia hay dùng đồ hộp như Mỹ, Đức, Pháp dùng rau hộp, dăm bông, lạp xưởng, cá ướp muối… theo thống kê của Mayer, trong 50 năm gần đây tỉ lệ tử vong do ngộ độc Botulism chiếm khoảng 34,2% trong tổng số các trường hợp ngộ độc do Botulism. Ngày nay, nhờ có kháng huyết thanh tỉ lệ này được hạ xuống rất nhiều, nhưng cần phải tiêm sớm mới có kết quả. Các ổ chứa C. Botilism trong thiên nhiên khá phổ biến, đất là nơi tồn tại thường xuyên của vi khuẩn và nha bào, đất vườn, đất nghĩa trang nơi có nhiều vi khuẩn hiếu khí sinh sống sẽ tạo điều kiện kỵ khí cho trực khuẩn C. Botulism phát triển, đất ruộng bón phân hoá học thì nha bào C. Botulism giảm rõ rệt, phân người và gia súc cũng là nguồn mang khuẩn nhưng vi khuẩn ít nguy hiểm hơn. Từ đất, phân… nha bào dễ dàng xâm nhập vào thực phẩm như thịt, cá, rau quả… thực phẩm gây ngộ độc thường là những thực phẩm có điều kiện tốt cho vi khuẩn kỵ khí phát triển như đồ hộp, thực phẩm có khối lượng lớn… (ở Mỹ 69,2% ngộ độc là do ăn rau quả đóng hộp, ở Đức: 82% do ăn thịt lợn xong khói và dồi bò ở Nga  do ăn cá Hồng ướp muối hoặc phơi khô rồi xông khói).