- Con người: là nguồn chính của các vi khuẩn gây nhiễm. các BN và nhân viên vào vệnh viện với tình trạng nhiễm khuẩn mắc phải trong cộng đồng có thể truyền nhiễm khuẩn đó cho người khác trong môi trường bệnh viện.

+ Bệnh nhân: nhiễm trùng từ da do mở khí quản, băng vết thương; nhiễm trùng do nuôi ăn qua sonde: băng đặt sonde, sonde mũi – dạ dày; nhiễm trùng qua ống dẫn lưu đường động – tĩnh mạch, đường tiêm truyền, đường tiểu, cathete, nội soi, phân…

+ Nhân viên: bàn tay bẩn, người mang mầm bệnh, đồng phục bẩn.

+ Khách thăm nuôi.

- Vật liệu dụng cụ trong bệnh viện: vật liệu, y dụng cụ, đồ vải, đồ đạc trong phòng bệnh, Grap trải giường, giường, nệm, chiếu… dụng cụ bị vấy nhiễm, đặc biệt nếu được dùng cho các kỹ thuật xâm lấn như dụng cụ dùng trong lòng mạch, catheter và máy thở là nguồn nhiễm trùng.

- Môi trường bệnh viện: môi trường bệnh viện như không khí (khí thở bản thân BN, buồng bệnh, buồng bên cạnh, nhân viên, khách thăm, máy hô hấp hổ trợ, máy khí dung…) đất, bề mặt, nước, các công trình vệ sinh,… bị vấy nhiễm do vi khuẩn có thể gây nhiễm khuẩn trên các BN. Các vi khuẩn gây bệnh có thể còn sống và hoạt động được trong 1 thời gian dài trong môi trường sau khi được phóng xuất từ vật chủ, thí dụ vi khuẩn lao trong bụi, virus viêm gan siêu vi B trong giọt máu khô. Phải dọn vệ sinh môi trường toàn diện đều đặn để giảm số lượng vi khuẩn và các ổ nhiễm khuẩn. Khi làm vệ sinh, cần chú ý để không gieo rắc các vi khuẩn gây bệnh. Một  nguồn nhiễm khuẩn ẩn từ môi trường là nước. Các tháp nước của hệ thống điều hoà không  khí và các hệ thống nước ấm có thể liên quan tới đợt bùng phát nhiễm khuẩn.

- Các dịch truyền tĩnh mạch, dịch nuôi ăn qua đường tiêu hoá, các chất khử trùng, nước trong bộ phận làm ẩm của máy thở khi bị vấy nhiễm cũng có thể gây nhiễm khuẩn trong bệnh viện.

II. Các hình thức lây nhiễm trùng trong bệnh viện:

Các loại vi sinh vật có thể lây nhiễm từ nguồn của chúng đến vật chủ mới thông qua tiếp xúc trực tiếp hoặc gián tiếp, qua không khí hay qua ký chủ trung gian.

- Đường không khí: các vi sinh vật được vận chuyển bằng các giá đỡ, bụi các loại, giọt nước bọt…

- Tiếp xúc với vật liệu, dụng cụ: các đồ dùng, dụng cụ như vải, khăn, khăn che vùng mổ, quần áo nhân viên, đồ dùng vệ sinh, chậu rửa mặt, bồn tắm, nhất là bô đi tiểu… bao giờ cũng là nguồn có tiềm năng nhiễm trùng.

- Truyền qua đường bàn tay: được mọi người công nhận, đây là nguồn truyền bệnh chiếm 40 – 70% các nhiễm trùng trong bệnh viện.

- Qua truyền máu.

- Qua đường phân - miệng.