Pcr

[tvnguyen]

PCR là gì? cách lấy bệnh phẩm làm PCR? sensitivity và specificity như thế nào?

[nhmy]

PCR
Polymerase Chain Reaction
Phản ứng dây chuyền Polymerase

- Phương pháp căn bản chạy PCR được Kary Mullis phát minh. Tuy nhiên hiệu quả của nó không cao vì mất nhiều thời gian, cần 1 lượng lớn DNA polymerase, và phải liên tục lưu ý trong suốt quá trình PCR.

THỰC NGHIỆM PCR
- PCR được dùng để khếch đại 1 đoạn DNA ngắn, đã xác định được 1 phần. Đó có thể là gen đơn, hay 1 phần của gen. Quy trình PCR có thể copy 1 mảnh DNA ngắn, có thể lên tới 10kb.
- Các thành phần cần thiết trong quy trình PCR:
1) DNA mẫu (template) chứa mảnh DNA cần khếch đại.
2) Cặp mồi ( primer) để xác định điểm bắt đầu và kết thúc vùng cấn khếch đại.
3) DNA polymerase enzym xúc tác cho sự nhân đôi của DNA.
4) Dung dịch đệm cung cấp mội trường hoá học cho DNA polymerase.

QUY TRÌNH PCR
- Gồm 20 đến 30 chu kì, mỗi chu kì gồm 3 giai đoạn
- Giai đoạn biến tính: nhiệt độ cao ( 94-96°C) -> phá huỷ liên kết hydrogen -> tách 2 sợi DNA, thời gian 1-2 phút.
- Giai đoạn bắt cặp: nhiệt độ hạ thấp, thường thấp hơn giai đoạn biến tính 50°C, tạo điều kiện để đoạn mồi gắn vào sợi DNA đơn theo nguyên lý bổ sung đôi báe, thời gian 1-2 phút.
- Giai doạn kéo dài: là sự tổng hợp sợi DNA bổ sung ở nhiệt độ 70-72°C, dưới tác dụng của enzum DNA polymerase.




Nguồn
http://vi.wikipedia.org/wiki/PCR

[kiem2602]

PCR được dùng để khếch đại 1 đoạn DNA. Bài viết hay, nhưng PCR được ứng dụng làm gì vạy bạn? Các trường hợp nào mình lam PCR là phù hợp? có ứng dụng trong LAO không? thanks

[unknown]

PCR được dùng để khếch đại 1 đoạn DNA. Bài viết hay, nhưng PCR được ứng dụng làm gì vạy bạn? Các trường hợp nào mình lam PCR là phù hợp? có ứng dụng trong LAO không? thanks

PCR là một kỹ thuật phổ biến trong sinh học phân tử nhằm khuyếch đại (tạo ra nhiều bản sao) một đoạn DNA mà không cần sử dụng các sinh vật sống như E. coli hay nấm men.
ứng dụng của pcr:
- Vân tay di truyền.
- Kiểm tra huyết thống.
- Chẩn đoán bệnh di truyền.
- Tách dòng gene.
- Gây đột biến điểm.
- Phân tích mẫu DNA cổ.
- Xác định kiểu gene của các đột biến.
- So sánh mức độ biểu hiện của gene...
mình không hiểu bạn hỏi "có ứng dụng trong LAO" không là ý gì? nhưng để phát hiện mẫu bệnh phẩm của lao thì PCR có thể. nhưng người ta ít sử dụng

[httthao]

Độ nhạy là gì?

Độ nhạy của một xét nghiệm là tỷ lệ những trường hợp thực sự có bệnh và có kết quả xét nghiệm dương tính trong toàn bộ các trường hợp có kết quả dương tính.Công thức để tính độ nhạy như sau:

Độ nhạy = số dương tính thật/(số đương tính thật + số âm tính giả)
Độ nhạy 100% được hiểu là toàn bộ những người mắc bệnh hoặc toàn bộ sản phẩm hỏng đều được phát hiện

Độ đặc hiệu là gì?

Độ đặc hiệu của một xét nghiệm là tỷ lệ những trường hợp thực sự không có bệnh và có kết quả xét nghiệm âm tính trong toàn bộ các trường hợp có kết quả âm tính. Độ đặc hiệu được tính theo công thức sau:

Độ đặc hiệu = Số trường hợp âm tính thật/ ( số trường hợp âm tính thật + số trường hợp dương tính giả)
Đối với một xét nghiệm để xác định xem ai mắc bệnh nào đó, độ đặc hiệu 100% có nghĩa là toàn bộ những người khỏe mạnh (không mắc bệnh) được xác định là khỏe mạnh

Vì kỹ thuật PCR khuếch tán một đoạn acid nucleic của sinh vật trong bệnh phẩm, mà trong bệnh phẩm có thể có nhiều sinh vật gây bệnh, nên khả năng "giết lầm còn hơn bỏ sót" là rất cao, có nghĩa là âm tính thật tức độ đặc hiệu rất cao tuy nhiên, trong quá trình thực hiện kỹ thuật, do rất nhạy nên mẫu thử có thể bị nhiễm các sản phẩm của PCR trước đó nên độ nhạy tức khả năng dương tính thật không cao lắm, hay nói cách khác, khi áp dụng kỹ thuật này trong chẩn đoán ta nên chú ý đến khả năng dương tính giả của kỹ thuật.

Tránh khả năng dương tính giả như thế nào ????
Ðể có thể tránh được kết quả dương giả, PCR chẩn đoán phải được thực hiện trong một phòng thí nghiệm có tổ chức chặt chẽ, các giai đoạn thí nghiệm phải được thực hiện tại những khu vực riêng, với các đồ dùng thí nghiệm riêng, sử dụng nhiều vật liệu chỉ dùng một lần (đầu pipette, ống nghiệm phản ứng, ống nghiệm sửa soạn bệnh phẩm,.) Ngoài ra còn phải áp dụng nhiều biện pháp để loại trừ ngoại nhiễm. Hiện nay có lẽ hiệu quả nhất là sử dụng phương pháp nội tại loại trừ ngoại nhiễm : đó là trộn sẵn trong ống nghiệm làm phản ứng PCR men Uracil N Glycosylase (UNG) là men có khả năng phá hủy các sản phẩm PCR ngoại nhiễm trước khi phản ứng PCR xảy ra. Chính nhờ việc sử dụng UNG mà các thử nghiệm PCR chẩn đoán phát hiện vi sinh vật gây bệnh có thể thực hiện được tại bất cứ phòng thí nghiệm nào, không cần phải tại một thí nghiệm được thiết kế đặc biệt cho PCR chẩn đoán.

Một ưu điểm khác của PCR trong chẩn đoán bệnh nhiễm khuẩn là PCR chẳng những có thể phát hiện được tác nhân vi sinh vật gây bệnh trực tiếp trong bệnh phẩm mà còn có thể phân loại type di truyền của các vi sinh vật này, không cần phải nuôi cấy được vi khuẩn. Ðây là một đóng góp rất lớn trong nghiên cứu dịch tễ học tìm hiểu mối liên quan của các tác nhân gây bệnh trong cộng đồng. Một chứng minh hết sức nỗi tiếng trong ứng dụng này là trường hợp "nha sĩ Florida" (Florida dentist) : Nhờ có PCR mà người ta đã xác định được 3 bệnh nhân khám điều trị răng đã bị nhiễm HIV từ một nguồn gốc là vị nha sĩ nọ bị nhiễm HIV. Ngoài ra PCR còn có thể phát hiện vi khuẩn kháng kháng sinh ví dụ phát hiện M. tuberculosis kháng rifampicin

Cùng hình dung ra kỹ thuật PCR nhé


tham khảo
http://jcm.asm.org/cgi/content/short/34/4/918
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC119969/
http://vi.wikipedia.org/wiki/%C4%90%...c_hi%E1%BB%87u
http://vi.wikipedia.org/wiki/%C4%90%...9_nh%E1%BA%A1y
http://www.kythuatyhoc.com/index.php...-hoc&Itemid=79

[quachcongtu]

làm sao phát hiện được +/-???? cơ chế hoạt động máy PCR
http://www.youtube.com/watch?v=QVeVIM1yRMU
http://www.google.com.vn/url?sa=t&rc...9kolOw&cad=rja